Rėzeknės liuteronų kongregacijos bažnyčia buvo pastatyta prieš Antrąjį pasaulinį karą. 1933 m. buvo padėti jos pamatai, o 1938 m. rugpjūčio 8 d. Latvijos liuteronų arkivyskupas Teodoras Grinbergas pašventino ją Švenčiausiosios Trejybės garbei. Tai raudonų plytų mūrinis pastatas su įspūdinga keturkampe 37 m. aukščio varpine.

Prie dabartinės bažnyčios stovėjo pirmoji medinė liuteronų kongregacijos bažnyčia, ji pastatyta jau 1888 m. Tačiau Nepriklausomybės karo metu 1919 m. medinis pastatas buvo apgadintas ir nuniokotas. XX amžiaus trečiajame dešimtmetyje Rėzeknėje padaugėjo liuteronų, nes čia atvyko dirbti valstybės tarnautojai, mokytojai, kariuomenės karininkai iš kitų apskričių. Todėl senoji bažnyčia buvo nugriauta, o jos vietoje pastatyta nauja su daug didesne maldos sale.

Po Antrojo pasaulinio karo 1949 m. sovietų valdžia nusavino bažnyčią, nuėmė kryžius ir išmontavo varpinę, bažnyčioje pastatė antrą aukštą, kuriame buvo kino nuomos biurai ir kino salė. Altorius, vargonai, sakykla, altoriaus paveikslas – viskas dingo.

Bažnyčia bendruomenei grąžinta tik 1994 m., kai buvo pradėti dideli remonto darbai. Šiuo metu bažnyčia vėl atidaryta ir čia vyksta pamaldos.